钓鱼岛争端悬而未决，中日关系日趋紧张，世界各国密切关注争端的动向，但是日本不仅不知悔改，反而变本加厉的伤害中国民众的感情，在两岸关系上动手脚，伤害中国民众的感情。自“台日”渔业协议签署以后，无论是在日本国内，还是台湾岛内，都引发争议。
日本冲绳县副知事高良仓吉12日前往首相官邸会晤官房副长官杉田和博，抗议日本政府与台湾地区签署有关钓鱼岛列屿附近海域渔业权的协议。冲绳县石垣市市长中山义隆17日也前往首相官邸拜会官房长官菅义伟，要求政府支援当地渔业从业者。
25日，冲绳县知事仲井真弘多前往内阁府会晤冲绳北方担当相山本一太，称政府越过当地直接签署协议的做法欠妥，“对此感到强烈愤慨”，要求日本政府修改协议。在冲绳县，不少渔民担心该协议会导致金枪鱼等的捕获量减少或是与台湾渔民发生纠纷。
“台日”渔业协议的签署，对台湾渔民有一定益处，但其中也隐藏着“雷区”。台湾基隆区渔会理事长游日兴透露，在海上作业，会有模糊地带。倘若渔民在可作业的区域放流渔网，但渔网顺潮流漂过“界线”，那该如何是好 台湾中华保钓协会理事长谢梦麟表示，“台日”签署渔业协议，形同日本“拥有实质管辖权”，保钓未来还是要登岛。
世界华人保钓联盟会长、台湾中华保钓协会秘书长黄锡麟日前称，为了凸显“台日渔业协议”的荒缪，他已备妥新保钓船，将在不日内出海直奔钓鱼岛“打鱼”保钓，至于要保钓到什么程度，要视现场实际状况而定。台媒认为，渔业协议仍存在若干盲点，尤其是日本迄今未公开承认钓鱼岛主权存有争议，只同意区分对待主权与海域管理权问题，虽允诺与台湾共同管理钓鱼岛周边海域，但极可能会要求订定台方渔船捕获量的上限。“日台”搁置了“主权争议”，却未解决“主权”的问题，渔权管理机制也待厘清。
香港《文汇报》援引专家的话说，按照联合国海洋法公约的相关规定，台湾地区与日本签署的这样一个渔业协议，在法律层面上是没有强制效力的。未来如果日本感觉到形势发生变化的话，可以完全通过某种形式的解读，使得现在台湾地区获得的这些既得利益全部化为泡影。
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